Merupakan kelanjutan dari musim keduanya : Kyoto Fujouou-hen. Rin dan teman-temannya berhasil mengalahkan Raja Najis setelah kebangkitannya di Kyoto dan telah kembali ke kehidupan sehari-hari di Akademi True Cross. Namun, para Ksatria Salib Sejati mulai menerima semakin banyak konsultasi tentang Iblis ketika gelombang kejadian aneh mulai menyebar ke seluruh dunia. Sementara itu, Rin dan Exwire lainnya berupaya memecahkan fenomena misterius yang melanda sekolah.