Saudara Rin dan Yukio pergi ke Danau Towada di Aomori untuk mencari Shura, yang tiba-tiba menghilang. Di sana, mereka menemukan tempat kelahiran Shura – tempat di mana Shiro menjadi walinya. Saat pencarian mereka berlanjut, Rin dan Yukio menemukan takdir yang menanti Shura. Sementara itu, Lightning, salah satu Arch Knight, tiba di Cabang Jepang dari Kesatria Salib Kebajikan dan memulai penyelidikannya terhadap Illuminati. Lightning menyimpulkan bahwa semuanya dimulai pada "Malam Biru" .....