Bumi masih aman, tapi galaksi lain mulai berulah. BoBoiBoy, anak biasa dengan kekuatan super yang bisa terbagi jadi tujuh elemen, tiba-tiba dipanggil ke luar angkasa. Bersama teman-temannya — Yaya, Ying, Gopal, dan Fang — dia bergabung dengan pasukan antargalaksi bernama TAPOPS. Misi mereka: cari Power Sphera yang tersebar di planet-planet, sebelum jatuh ke tangan musuh. Tapi di balik setiap Power Sphera ada monster, jebakan, dan musuh yang ternyata lebih dekat dari yang mereka kira. Siapa sangka panggilan ini bukan kebetulan, dan galaksi menyembunyikan rahasia tentang asal-usul kekuatan BoBoiBoy sendiri.