Clannad After Story melanjutkan kisah Tomoya dan Nagisa setelah lulus SMA, fokus pada kehidupan pernikahan, perjuangan dewasa, dan tragedi keluarga. Setelah Nagisa meninggal melahirkan putri mereka, Ushio, Tomoya jatuh dalam depresi berat sebelum akhirnya bangkit untuk merawat Ushio dan menemukan makna hidup yang sesungguhnya melalui ikatan ayah-anak.