Code Geass: Hangyaku no Lelouch R1 berfokus pada Lelouch Lamperouge, pangeran Britannia terbuang yang hidup di Jepang (Area 11) yang dijajah. Menggunakan kekuatan "Geass" untuk memanipulasi pikiran, Lelouch menjadi pemimpin pemberontak bertopeng, "Zero", memimpin Black Knights melawan kekaisaran demi menciptakan dunia damai bagi adiknya, Nunnally.