Anime ini bercerita tentang 15 siswa elit yang berkumpul di SMA paling elit. Sekolah ini dipimpin oleh seorang beruang yang bernama Monokuma, dan dia menjelaskan bahwa satu-satunya cara untuk keluar dari sekolah itu adalah dengan membunuh salah seorang teman sekelas mereka. Mereka semua akhirnya berusaha mencaritahu siapa dalang dibalik semua ini, tapi percuma saja, setelah merncari keseluruh ruangan yang ada, mereka masih belum menemukan petunjuk apapun tentang pelakunya. Lalu bagaimana kisah mereka selanjutnya? Bagaimana cara mereka menyelamatkan diri dari pertumpahan darah? Danganronpa The Animation