Menceritakan kasus pembunuhan berantai di atas kapal pesiar mewah Aphrodite, yang ternyata berhubungan dengan insiden tenggelamnya kapal kargo Yatsushiro 15 tahun lalu. Conan dan teman-temannya terjebak dalam teror di tengah laut, di mana pembunuhan, penculikan, dan peledakan bom terjadi, membahayakan seluruh penumpang. Conan harus mengungkap pelaku sebelum kapal karam dan semua orang tewas.