Film Detective Conan Movie 11: Jolly Roger in the Deep Azure bercerita tentang Conan dan kawan-kawan yang liburan di Pulau Koumi, di mana mereka mendengar legenda harta karun bajak laut yang tersembunyi di bawah laut. Harta karun itu dijaga oleh teka-teki yang berhubungan dengan bendera bajak laut (Jolly Roger), dan diburu oleh pemburu harta karun lain yang kejam. Situasi menjadi berbahaya ketika Ran terjebak dalam perangkap para pemburu harta karun, dan Conan harus memecahkan misteri untuk menyelamatkannya.