Full Score of Fear bercerita tentang rangkaian kasus pembunuhan berantai yang terjadi setelah serangkaian bom meledak di akademi musik ternama, dengan setiap TKP bom ditemukan bagian dari sebuah suling. Sementara itu, Conan dan Reiko Akiba (seorang penyanyi sopran dengan absolute pitch) terjebak dan terancam di sebuah waduk, sementara bom juga mengancam konser yang sedang dihadiri teman-teman Conan, yang membuat Conan harus mencegah banyak korban.