Film ini mengambil latar tempat di laut dekat pulau Hachijo-jima, Tokyo. Insinyur dari seluruh dunia telah berkumpul untuk operasi skala penuh "Pacific Buoy". "Pacific Buoy" adalah sebuah fasilitas lepas pantai untuk menghubungkan kamera keamanan yang dimiliki oleh pasukan polisi di seluruh dunia. Pengujian "teknologi baru" tertentu berdasarkan sistem pengenalan wajah sedang berlangsung di sana. Sementara itu, Conan dan Detektif Cilik mengunjungi Hachijo-jima atas undangan Sonoko. Di sana mereka menerima panggilan telepon dari Subaru Okiya yang memberi tahu mereka bahwa seorang pegawai Europol dibunuh di Jerman oleh Jin dari Organisasi Hitam. Bagaimana kelanjutan film Detective Conan: Black Iron Submarine?