Berlatar waktu satu tahun setelah pertempuran melawan Death Generals (Season 2), dunia telah damai kembali. Taiki Kudo, Yuu Amano, dan sahabat baru mereka, Tagiru Akashi, bersekolah di SMP yang sama dan menjalani kehidupan normal. Namun, perdamaian itu terusik ketika bayangan monster muncul di udara, memicu "Digimon Hunt".