Doraemon kaget begitu Nobita minta dibuatkan kapal layar beneran. Bukan main-main, mereka semua malah terseret arus waktu ke Laut Selatan tahun 1500-an. Di sana bukan cuma ombak gede yang harus dihadapi, tapi juga bajak laut modern bersenjata canggih plus ilmuwan gila yang punya ambisi kuasai dunia. Harta karun ajaib? Ada. Makhluk purba? Juga. Dan tanpa sengaja mereka jadi bagian dari rencana besar itu. Pertanyaannya, apakah Nobita dan teman-teman bisa pulang ke zaman mereka sebelum semuanya kacau balau?