Pohon yang ditanam dari bibit patah itu tiba-tiba bisa jalan dan ngomong. Nobita nggak nyangka, bibit yang ia selamatkan justru tumbuh jadi Kibo, makhluk hijau kecil yang lincah dan penasaran sama Bumi. Masalahnya, mereka semua tersedot ke Planet Hijau — tempat semua tanaman hidup damai sampai alien datang. Alien itu, bikin Nobita, Doraemon, dan teman-temannya harus bertahan di hutan purba yang mulai terbakar dan layu. Kibo punya kekuatan aneh, tapi dia takut sendiri. Di tengah kekacauan itu, tumbuhan-tumbuhan lokal bersiap melawan, dan misteri soal siapa sebenarnya Kibo mulai terkuak sedikit demi sedikit. Semakin dalam mereka masuk ke Planet Hijau, semakin jelas kalau misi ini bukan soal mengalahkan alien, tapi soal memilih antara bertahan atau kehilangan segalanya.