Kapal Edens Zero kembali berlayar menuju petualangan antar galaksi yang jauh lebih berbahaya. Shiki dan krewetnya melanjutkan pencarian ibu kosmik Mother setelah peristiwa di musim pertama, tapi kini menghadapi organisasi kriminal antar galaksi Oración Seis yang lebih kuat, ancaman perusak planet, dan misteri tersembunyi di dalam sistem kapal itu sendiri. Hubungan internal kru mulai retak saat masing-masing punya tujuan pribadi yang bertabrakan. Siapa yang benar-benar bisa dipercaya di tengah luasnya angkasa raya?