Misi 100 Tahun adalah misi kelas berat yang jauh lebih berbahaya dari misi kelas S yang bisa dilakukan oleh para penyihir dari Guild Fairy Tail. Natsu DKK tertantang untuk menaklukannya, mampukah mereka menyelesaikan misi super sulit ini? Setahun setelah guild Fairy Tail mengalahkan kekuatan jahat Acnologia dan Zeref, Natsu dan timnya melakukan perjalanan ke benua utara Guiltina, di mana mereka mencari orang yang memberikan Quest 100 Tahun dan menerima misi  yang hampir mustahil: menyegel diri Lima Dewa Naga—sekelompok individu dengan kekuatan besar yang, jika dibiarkan, dapat menyebabkan kehancuran global.