Fate/stay night: Heaven's Feel - I. Presage Flower menceritakan kembalinya Holy Grail War (Perang Cawan Suci) ke Kota Fuyuki, di mana Emiya Shirou terjebak lagi dalam konflik ini, namun kali ini bersama sahabatnya, Sakura Matou, yang menyimpan rahasia kelam dan menjadi pusat misteri di balik perang yang semakin brutal, diwarnai kemunculan bayangan misterius yang membunuh peserta perang secara brutal, memaksa Shirou untuk melindungi Sakura dan berjuang melawan ancaman baru yang tak terbayangkan, berbeda dari rute Fate lainnya.