Guilty Crown (2039) berlatar di Jepang yang dikuasai GHQ pasca bencana "Lost Christmas" akibat Virus Kiamat. Shu Ouma, siswa pendiam, terlibat perlawanan melawan GHQ setelah bertemu Inori Yuzuriha, vokalis EGOIST dan anggota kelompok perlawanan Rumah Duka/Funeral Parlor, serta mendapatkan "Kekuatan Raja" yang memungkinkannya mengeluarkan senjata (Void) dari tubuh manusia.