Inazuma Eleven GO menceritakan dunia sepak bola Jepang yang 'mati' setelah 10 tahun, dikendalikan oleh organisasi bernama Fifth Sector, di mana hasil pertandingan diatur oleh "Kaisar Suci" (Ishido Shuuji). Protagonis baru, Matsukaze Tenma, pemain Raimon yang bersemangat, menemukan sepak bola favoritnya telah hilang, lalu bersama timnya dan dibantu oleh kelompok "Resistance" (perlawanan), ia berjuang membebaskan sepak bola dari kontrol Fifth Sector agar bisa dimainkan dengan bebas lagi.