Inazuma Eleven GO: Chrono Stone menceritakan petualangan Matsukaze Tenma dan Tim Raimon yang kembali dari kemenangan Holy Road, hanya untuk menemukan bahwa sepak bola telah dihapus dari sejarah oleh organisasi misterius dari masa depan bernama ''The Lagoon''. Bersama sekutu dari masa depan, Fei Rune, dan mesin waktu, mereka harus melakukan perjalanan lintas waktu untuk menemukan "Ksatria Ksatria" (Knight of the Knights) legendaris, mengembalikan sepak bola ke zaman mereka, dan menghentikan rencana antagonis utama, SARU, untuk menghapus olahraga tersebut selamanya.