Inazuma Eleven GO: Galaxy mengisahkan perjuangan tim sepak bola Jepang, Raimon, yang kini menjadi perwakilan planet Bumi dalam turnamen antar-galaksi bernama "Galaxy Eleven" untuk menyelamatkan sepak bola dari ancaman alien kejam yang ingin menghancurkan olahraga tersebut, dipimpin oleh Tenma Matsukaze dan kawan-kawan, mereka harus mengumpulkan kekuatan dari seluruh dunia dan menemukan "Kekuatan Semesta" (Cosmic Energy) demi melindungi sepak bola dan dunia dari kehancuran.