Inazuma Eleven bercerita tentang Endou Mamoru, penjaga gawang jenius yang berusaha menghidupkan kembali klub sepak bola SMP Raimon yang hampir bubar dengan merekrut anggota baru dan melawan tim kuat, dimulai dengan pertandingan melawan Akademi Teikoku yang menjadi awal petualangan mereka, hingga akhirnya bergabung dengan tim nasional Inazuma Japan untuk berkompetisi di panggung dunia dalam turnamen Football Frontier International (FFI) melawan tim-tim dari seluruh dunia untuk menyelamatkan sepak bola dari ancaman, dengan kekuatan super dan teknik khusus yang disebut "Hissatsu".