Bumi diserbu Kaisar Krise dan tentara Gorgom-nya. Kotaro Minami yang baru pulang dari luar angkasa langsung jadi target utama mereka — karena dialah satu-satunya yang bisa berubah jadi Kamen Rider Black RX. Tapi kekuatan barunya ini belum sepenuhnya dikuasai, dan musuh-musuhnya bukan cuma monster raksasa. Ada mantan sekutu yang jadi pengkhianat, ada teknologi alien yang jauh lebih canggih dari senjata manusia, dan ada rakyat yang mulai kehilangan harapan. Kotaro harus belajar mengendalikan tiga bentuk transformasi berbeda sambil melindungi Tokyo dari kehancuran total. Tapi Kaisar Krise punya rencana cadangan — sesuatu yang bisa membuat Kotaro memilih antara menyelamatkan dunia atau orang yang paling ia sayangi.