Mobile Suit Gundam SEED (2002) berlatar di Cosmic Era, mengisahkan perang antara manusia biasa (Natural) dan manusia rekayasa genetik (Coordinator). Kira Yamato, seorang Coordinator muda, terpaksa menjadi pilot Strike Gundam untuk melindungi teman-temannya di koloni Heliopolis dari serangan ZAFT, sekaligus bertentangan dengan sahabat karibnya, Athrun Zala.