Naruto Shippuden the Movie 6: Road to Ninja berkisah tentang Naruto dan Sakura yang terjebak di dunia paralel hasil genjutsu Tobi (Gentei Tsukuyomi). Di dunia ini, kepribadian teman-teman mereka terbalik dan orang tua Naruto masih hidup, memaksa Naruto merenungkan arti keluarga dan Sakura merasakan kesepian, sekaligus harus mencari jalan pulang.