Joe Higan adalah seorang Nukenin – mantan ninja yang melarikan diri dari klannya dan bersembunyi dari masa lalunya yang penuh kekerasan di pedesaan Amerika bersama keluarganya. Suatu malam, dia disergap oleh tim pembunuh dari organisasi dia sebelumnya yang melakukan pembalasan pada Joe dan keluarganya karena mengkhianati kode kuno mereka. Bangkit dari "kematiannya", Joe muncul kembali sebagai dirinya yang dulu – Ninja Kamui – untuk membalaskan dendam keluarga dan teman-temannya.