Pokémon Movie 05: Pokémon Heroes - Latias & Latios mengisahkan Ash dan teman-temannya yang mengunjungi Alto Mare, kota air yang indah. Di sana, mereka harus melindungi dua Pokémon Penjaga Legendaris, Latios dan Latias, dari dua pencuri bersaudara yang berniat menggunakan kekuatan mereka untuk menghancurkan kota.