Lubang dimensi menganga di langit, dan dari situ muncul Giratina, makhluk yang murka karena dunianya porak-poranda ulah Dialga. Ash nggak sengaja kepergok di tengah kejaran ini waktu ketemu Shaymin, Pokémon kecil mirip landak yang ternyata punya kemampuan khusus mekar. Shaymin jadi sasaran karena jadi kunci untuk menstabilkan dimensi yang koyak. Bersama teman-temannya, Ash harus lindungi Shaymin dari Giratina yang ngamuk, sementara Dialga yang bikin onar malah ikut campur lagi. Tapi ada Zero, ilmuwan misterius yang punya rencana sendiri soal kekuatan Shaymin dan portal antardimensi. Yang bikin penasaran: kenapa dia mau ambil alih kendali dimensi yang bahkan Giratina aja nggak sanggup kendalikan sepenuhnya?