Pokémon pencipta alam semesta murka dan siap menghabisi manusia. Arceus datang kembali untuk menuntut balas atas pengkhianatan yang terjadi ribuan tahun lalu. Ash dan teman-temannya terseret ke pusaran konflik kosmik ini, dan satu-satunya jalan adalah melompat ke masa lalu. Di sana mereka harus mengungkap apa yang sebenarnya terjadi antara Arceus dan manusia pemegang Jewel of Life. Tapi memperbaiki sejarah bukan perkara mudah, apalagi saat takdir sudah terlanjur ditulis.