Pokémon Hills di New Tork baru saja jadi tempat mobilisasi. Sekelompok Genesect datang bukan untuk jalan-jalan, tapi menginvasi kota dengan kecepatan seperti rudal. Ash dan teman-temannya terjebak di tengah kekacauan itu. Tapi yang bikin rumit, Mewtwo ikut turun tangan. Bukan untuk melawan, melainkan melindungi para Genesect yang ternyata diam-diam membawa sesuatu. Nggak nyangka pertarungan ini bukan soal baik lawan jahat, melainkan siapa yang sebenarnya pantas disebut pelindung.