Bagaimana rasanya diciptakan hanya untuk menjadi senjata? Mewtwo, hasil kloning dari Pokemon legendaris Mew, muak diperlakukan seperti alat. Dendamnya membara, ia mengundang para pelatih terkuat ke sebuah pulau untuk turnamen. Tapi ini bukan pertandingan biasa — Mewtwo ingin membuktikan Pokemon kloning lebih unggul dari yang asli. Ash dan Pikachu ikut terperangkap, terjebak di antara pertarungan dua dunia. Ketika Mew asli muncul, konflik berubah jadi perang identitas: mana yang berhak hidup?