Pada tanggal 14 Mei, Meiji 11, salah satu dari "Tiga Pahlawan Besar Restorasi," Toshimichi Okubo, terbunuh. Di balik layar insiden tersebut, Makoto Shishio berencana untuk menggulingkan pemerintahan Meiji. Kenshin pun berpisah dengan Kaoru Kamiya dan berangkat ke Kyoto, di mana ia berencana untuk menghentikan Makoto Shishio, penerus gelar "Hitokiri Battosai" dari dirinya. Kenshin meninggalkan teman-temannya, bertemu orang-orang baru dan bertarung melawan kelompiok Shishio. Terjebak antara takdirnya dan janjinya untuk tidak membunuh lagi, tirai terbuka sekali lagi untuk musim kedua Rurouni Kenshin.