Monogatari Series: Second Season melanjutkan kisah Koyomi Araragi yang kini fokus pada penyelesaian masalah supranatural para gadis di sekitarnya saat ia absen. Musim ini menyoroti perkembangan karakter lain (Tsubasa Hanekawa, Mayoi Hachikuji, Nadeko Sengoku) dalam menghadapi keanehan mereka, sekaligus mendalami misteri masa lalu yang belum terungkap dari season pertama.