Setahun setelah menyelamatkan Kurisu, Okabe mulai kehilangan ingatan. Bukan sekadar lupa nomor telepon atau hari ulang tahun teman — ingatan tentang garis waktu yang dia lompati perlahan menguap satu per satu. Makin sering dia mencoba mengingat, makin cepat kenangan itu lenyap, sampai suatu hari dia sadar tubuhnya juga mulai menghilang. Makise Kurisu, satu-satunya yang tahu beban yang Okabe pikul, nekat mencari cara membalikkan proses ini. Tapi hukum fisika yang dia tahu mulai berantakan, dan sains bukan satu-satunya hal yang dipertaruhkan.