Seorang gadis SMA ketemu pemuda misterius yang keliling Jepang nutupin pintu-pintu magis lintas dimensi. Suzume Iwato tanpa sengaja membuka pintu itu di reruntuhan kota, dan dari dalam muncul cacing raksasa yang bikin gempa bumi hebat. Sekarang dia dan Souta Munakata harus buru-buru menutup semua pintu sebelum bencana yang lebih besar terjadi. Tapi semakin jauh mereka bepergian, Suzume sadar ada hubungan aneh antara pintu-pintu itu dengan kenangan masa lalunya yang hilang. Lalu apa yang sebenarnya terjadi di balik pintu yang pertama kali dia buka?