Sebuah jimat kristal misterius tiba-tiba jatuh dari langit ke tangan Pazu, pekerja tambang muda di kota kecil. Pemiliknya, Sheeta, seorang gadis yang melarikan diri dari bayangan agen pemerintah dan bajak udara yang sama-sama memburunya. Keduanya bukan sembarang pelarian — jimat itu adalah kunci menuju Laputa, pulau terbang legendaris dengan teknologi kuno yang katanya bisa mengubah dunia. Pemerintah ingin kekuatannya, bajak udara mau hartanya, dan satu-satunya cara Sheeta selamat adalah sampai ke sana duluan. Buruan mereka terbatas, pesawat yang bocor, dan musuh yang terus bertambah. Pertanyaan gantungnya: apa yang sebenarnya menunggu mereka di atas awan?