Tsuki ga Kirei mengikuti kisah cinta pertama yang manis dan realistis antara dua remaja di tahun terakhir sekolah menengah pertama, Kotaro Azumi dan Akane Mizuno. Keduanya ditempatkan di kelas yang sama dan perlahan tumbuh semakin dekat melalui interaksi canggung namun tulus hingga akhirnya berani merajut asmara.