Satu tahun setelah Professor X pergi, dan para mutant masih harus bertahan di dunia yang benci mereka. Cyclops, Storm, Wolverine, dan tim X-Men kembali dihidupkan dalam gaya animasi 90-an yang khas, lengkap dengan konflik baru yang lebih gelap dari sebelumnya. Dimainkan oleh Jennifer Hale dan Ray Chase, mereka bukan cuma lawan Sentinel atau Magneto — kali ini ancaman datang dari dalam tim sendiri dan dari masa lalu yang kembali menghantui. Siapa sangka perpecahan justru dimulai saat salah satu anggota diam-diam punya agenda pribadi yang bisa menghancurkan impian Xavier.