Yu-Gi-Oh! Duel Monsters GX bercerita tentang Judai Yuki, seorang siswa baru di Duel Academy, sekolah khusus duelist, yang harus menghadapi kegelapan yang mengancam dunia duelist, membuktikan persahabatan, dan menemukan kembali kecintaannya pada permainan kartu setelah mengalami masa sulit, puncaknya ia berduel dengan Yugi Muto dewasa dalam pertandingan perpisahan untuk kembali ke dunianya.