Yu-Gi-Oh! Bonds Beyond Time menyatukan Yugi Muto, Judai Yuki (Jaden), dan Yusei Fudo dari era yang berbeda untuk menghentikan penjahat Paradox, seorang pria dari masa depan yang melakukan perjalanan kembali ke masa lalu untuk menghancurkan Duel Monsters dengan menyingkirkan penciptanya, Maximillion Pegasus, sebelum ia menciptakan permainan tersebut, yang mengarah pada duel tiga pahlawan melawan monster "Malefic" Paradox yang kuat untuk menyelamatkan garis waktu mereka.